Pytony królewskie mają mnóstwo różnych, pięknych genów, które pokazują się w wyglądzie albo w charakterze.
Pyton królewski genu enchi ma bardzo subtelną odmianę koloru ze zwiększoną ilością pomarańczy i jasnych stron, gen champagne to mutacja zmieniająca kolor i wzór, którą można łatwo odróżnić od normalnego pytona królewskiego po ekstremalnie spranym wzorze oraz ciemnych brązach i złocie pokrywające całe zwierzę.
Gen pastel w różnym stopniu intensyfikuje żółtą pigmentację, charakterystyczne są także silne rumieńce, zielone lub blade oczy i białe usta. Gen pinstripe jest zwykle zdominowany przez gruby, kontrastujący pasek na grzbiecie od szyi do ogona, boki są ozdobione liniami w kształcie kropelek wody na opalonym brązowo-złotym tle bocznych łusek. Gen spider u pytonów królewskich to mutacja genetyczna, która może powodować stan neurologiczny zwany „wobble”, stan ten prowadzi do charakterystycznych drżeń głowy i ciała, które mogą wpływać na równowagę i koordynację węża.
Ten gen głownie powoduje duże rozjaśnienie normalnego koloru węża.
Gen cinnamon jest niekompletną dominującą mutacją, która zmienia zarówno kolor, jak i wzór, nazwa cinnamon pochodzi od głębokiej czerwieni, która jest widoczna na ciemnobrązowym (prawie czekoladowym) tle łusek.